При оценке соответствия используются классические микробиологический и паразитологический методы, а также методы атомно-абсорбционной спектрометрии, газовой хроматографии, спектрофотометрии, радиационной спектрометрии, потенциометрический, титрометрический, молекулярно-генетический методы, иммуноферментный анализ.

Современное лабораторное оборудование и квалифицированные кадровые ресурсы обеспечивают реализацию многих методов и методик, позволяющих выполнять исследования по определению токсичных элементов, микотоксинов, пестицидов, техногенных цезия-137 и стронция-90, а также широкого спектра показателей качества и безопасности, регламентированных техническими регламентами Таможенного союза и Евразийского экономического союза.

ИЛЦ один из немногих, кто располагает возможностями выявления генетически модифицированных организмов (ГМО) в пищевых продуктах, кормах и растительных образцах, отобранных из окружающей среды, молекулярно-биологическим методом с использованием полимеразной цепной реакции (ПЦР), что позволяет детектировать целевые последовательности ДНК из ГМО растительного происхождения на территории Российской Федерации. Методы количественного определения содержания ДНК из ГМО позволяют гармонизировать требования по маркировке пищевых продуктов, полученных из ГМО, с требованиями Европейского Союза.

Также Центр осуществляет молекулярно-генетические ПЦР исследования клещей по выявлению опасных инфекций: клещевого энцефалита (КЭ), клещевого боррелиоза, моноцитарного эрлихиоза и гранулоцитарного анаплазмоза человека. Иммуноферментный анализ
клеща применяется для быстрого выявления антигена КЭ. Выявление антител в крови позволяет судить об иммунитете к КЭ.